Det melder nyhetsbyrået AP. Villar er også visepresident i Det internasjonale fotballforbundet (FIFA) og i Det europeiske fotballforbundet (UEFA).
67-åringen var midlertidig UEFA-president fra oktober 2015 til september 2016 før Aleksander Ceferin tok over etter at Michel Platini ble suspendert fra sin post.
En talsmann sier til AP at politiet har ransaket hovedkvarteret som et ledd i etterforskningen mot fotballforbundets finanser.
Sønnen også arrestert
Villar skal være mistenkt for å bruke penger fra Det spanske fotballforbundet til å søke fordeler for å bli gjenvalgt som president. Det skriver Marca.
Presidentens sønn Gorka og fotballforbundets økonomi-visepresident Juan Padron skal også ha blitt arrestert.
– Vi må høre hva domstolen sier. Loven skal følges. Alle er like for den og ingen skal leve utenfor den, sier Spanias kultur- og idrettsminister Íñigo Méndez de Vigo.
LES OGSÅ: Viktig Leicester-brikke mister sesongstarten
Redaksjonen